Научно-технические разработки Институт осуществляет в рамках государственных программ (ГП), межгосударственных программ, государственных научно-технических программ (ГНТП), отраслевых научно-технических программ, инновационных проектов, среди них:

Государственная программа развития фармацевтической промышленности Республики Беларусь на 2016-2020 годы

- подраздел 2 раздела 1 «Разработка лекарственных средств и фармацевтических субстанций» подпрограммы 1 «Разработка и производство новых лекарственных средств»

Государственная программа «Наукоемкие технологии и техника» на 2016-2020 годы

- подпрограмма 1 «Инновационные биотехнологии – 2020»

- подпрограмма 8 «Импортозамещающие дианостикумы и биопрепараты -2020»

В 2016-2020 годах по проблемам химии и наук о Земле согласно планам важнейших научно-исследовательских работ в области естественных, технических, гуманитарных и социальных наук по Республике Беларусь в Институте биоорганической химии проводятся исследования по заданиям следующих государственных программ научных исследований (ГПНИ):

Государственная программа научных исследований «Химические технологии и материалы»

- подпрограмма 2 «Биологически активные вещества»

- подпрограмма 3 «Биорегуляторы растений»

- подпрограмма 5 «Фармакология и фармация»

Государственная программа научных исследований «Биотехнологии»

- Подпрограмма 3.3 Микробные биотехнологии

Государственная программа научных исследований «Конвергенция -2020»

- Подпрограмма 11.3 «Объединение»

Значительный объём фундаментальных исследований осуществляется по кратковременным грантам БРФФИ, в том числе с участием международных партнеров - организаций России, Чехии.